Xét nghiệm PCR hay còn gọi là xét nghiệm sinh học phân tử là một kỹ thuật nhằm tạo ra một lượng lớn bản sao DNA mục tiêu trong ống nghiệm dựa vào các chu kỳ nhiệt. Kỹ thuật này được nhà khoa học người Mỹ Kary Mullis phát minh vào năm 1985. Phản ứng chuỗi polymerase [Polymerase chain reaction = PCR] là một quá trình khuếch đại [sao chép] một đoạn DNA xác định lên hàng trăm nghìn lần, đủ để phân tích. Trước đó, các mẫu xét nghiệm được xử lý bằng một số hóa chất cho phép tách chiết DNA từ mẫu đó.
Xét nghiệm PCR đóng vai trò quan trọng trong lĩnh vực công nghệ sinh học do phản ứng rất nhạy và cho kết quả đặc hiệu. Xét nghiệm PCR thường có kết quả độ chính xác rất cao. Tuy nhiên kết quả cũng còn tùy thuộc trình độ của kỹ thuật viên, phương tiện máy móc làm việc và việc quản lý chất lượng.
Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược [RT-PCR]: đầu tiên cần sử dụng quá trình phiên mã ngược [tức chuyển RNA thành DNA vì cấu tạo của virus SAR-COV-2/COVID-19 là RNA] để thu được DNA, sau đó dùng PCR để khuếch đại DNA đó, đủ để phân tích. Do đó RT-PCR có thể phát hiện ra SARS-CoV-2 [chỉ chứa RNA]. Quy trình RT-PCR thường cần khoảng 3h hoặc hơn.
Giá trị CT là gì?
CT là viết tắt của ngưỡng chu kỳ [cycle threshold], là một giá trị xuất hiện trong các xét nghiệm RT-PCR, tiêu chuẩn vàng để phát hiện virus SARS-CoV-2. Trong xét nghiệm RT-PCR, RNA được chiết xuất từ mẫu bệnh phẩm lấy từ bệnh nhân, được chuyển đổi thành DNA sau đó được khuếch đại.
Khuếch đại ở đây là đề cập đến quá trình tạo ra nhiều bản sao của vật liệu di truyền - trong trường hợp này là DNA. Điều này cải thiện khả năng của xét nghiệm để phát hiện sự hiện diện của virus SARS-CoV-2. Quá trình khuếch đại diễn ra qua một loạt chu kỳ, một bản sao trở thành hai, hai bản sao trở thành bốn… và sau nhiều chu kỳ, một lượng virus SARS-CoV-2 sẽ được tạo ra có thể phát hiện được.
Giá trị CT của phản ứng RT-PCR là số chu kỳ phát hiện tín hiệu trong mẫu sẽ vượt tín hiệu nền và được thiết bị ghi nhận. Nói một cách đơn giản, giá trị CT đề cập đến số chu kỳ mà sau đó virus SARS-CoV-2 có thể được phát hiện. Nếu số chu kỳ cao hơn mới phát hiện được virus SARS-CoV-2, điều đó có nghĩa là virus SARS-CoV-2 không bị phát hiện khi số chu kỳ thấp hơn.
Trường hợp F0 nhưng có tải lượng virus thấp [giá trị CT> 30] có thể theo dõi, điều trị tại nhà theo khuyến cáo của Bộ Y tế. Đối với những F0 không triệu chứng đang điều trị tại bệnh viện, có thể xuất viện vào ngày thứ 10 khi đảm bảo kết quả xét nhiệm bằng RT - PCR 2 lần liên tiếp [cách nhau ít nhất 24 giờ] âm tính với SARS-CoV-2 hoặc có nồng độ vi rút thấp [giá trị CT ≥ 30].
Tại sao giá trị CT lại quan trọng?
Giá trị CT càng thấp, nghĩa là tải lượng virus SARS-CoV-2 càng cao vì virus SARS-CoV-2 đã được phát hiện ngay sau ít chu kỳ hơn. Và ngược lại, giá trị CT càng cao, nghĩa là tải lượng virus SARS-CoV-2 càng thấp và đến một mức nào đó sẽ hoàn toàn không có khả năng lây nhiễm. Theo một số nghiên cứu tin cậy, giá trị CT > 33 hoàn toàn không có khả năng lây nhiễm. Ngoài ra, với những trường hợp dương tính nhưng có tải lượng virus thấp [giá trị CT> 30] cũng có thể theo dõi, điều trị tại nhà vì những trường hợp này khả năng lây nhiễm ra những người xung quanh là rất thấp.
Để xem xét các tiêu chuẩn xuất viện của người bệnh Covid-19, trong đó có xác định nồng độ vi rút thông qua giá trị CT [cycle threshold value], thực hiện Quyết định số 3416/QĐ-BYT ngày 14/7/2021 của Bộ Y tế, Công văn số 899/KB-QLCL&CĐT ngày 28/7/2021 của Cục Quản lý Khám, chữa bệnh - Bộ Y tế, Sở Y tế ban hành công văn về việc ghi giá trị CT trên phiếu trả kết quả xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng phương pháp RT-PCR. Theo đó, các đơn vị có phòng xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng phương pháp RT-PCR triển khai thực hiện khi trả kết quả phải có thông tin về giá trị CT trên phiếu trả kết quả xét nghiệm [nếu kết quả là dương tính].
Ct là viết tắt của ngưỡng chu kỳ [cycle threshold] - một giá trị xuất hiện trong các xét nghiệm RT-PCR. Đồng thời giá trị này là “tiêu chuẩn vàng” để phát hiện virus SARS-CoV-2.
Trong xét nghiệm RT-PCR, RNA được chiết xuất từ mẫu bệnh phẩm lấy từ bệnh nhân, được chuyển đổi thành DNA sau đó được khuếch đại. Quá trình khuếch đại diễn ra qua một loạt chu kỳ, một bản sao trở thành hai, hai bản sao trở thành bốn... và sau nhiều chu kỳ, một lượng virus SARS-CoV-2 sẽ được tạo ra có thể phát hiện được.
Giá trị Ct của phản ứng RT-PCR là số chu kỳ phát hiện tín hiệu trong mẫu sẽ vượt tín hiệu nền và được thiết bị ghi nhận. Nói một cách đơn giản, giá trị Ct đề cập đến số chu kỳ mà sau đó virus SARS-CoV-2 có thể được phát hiện.
Giá trị Ct có thể được xem như một chỉ dẫn gián tiếp về số lượng vật liệu di truyền virus được phát hiện từ một mẫu cụ thể tại một thời điểm nhất định.Giá trị này càng thấp, nghĩa là tải lượng virus SARS-CoV-2 càng cao vì virus SARS-CoV-2 đã được phát hiện ngay sau ít chu kỳ hơn. Và ngược lại, giá trị Ct càng cao, nghĩa là tải lượng virus SARS-CoV-2 càng thấp và đến một mức nào đó sẽ hoàn toàn không có khả năng lây nhiễm.
Giá trị Ct là một trong số các thành phần được sử dụng để diễn giải kết quả xét nghiệm realtime RT-PCR dương tính với virus SARS-CoV-2 và thực hiện các quyết định về cách ly, kiểm dịch.
Đối với các tình huống cần diễn giải phức tạp [ví dụ, quyết định cách ly / tái cách ly một người được tiêm chủng đầy đủ không có triệu chứng, với xét nghiệm PCR dương tính, trong cơ sở chăm sóc tập thể dân cư] và khi các biện pháp kiểm soát lây nhiễm được yêu cầu, giá trị Ct là một trong số các biến số có thể được xem xét và tính đến để ra quyết định ngăn ngừa lây nhiễm.
Về mặt lâm sàng, một mình giá trị Ct không đủ chứng minh việc tương quan với mức độ nặng nhẹ của bệnh hoặc quyết định các phương án điều trị, cách ly cho từng người bệnh cụ thể, mà cần kết hợp với nhiều yếu tố khác như triệu chứng lâm sàng, tiền sử phơi nhiễm cũng như tiêm chủng.
Tại Việt Nam, ngày 14/7/2021 Bộ Y tế đã có các hướng dẫn liên quan đến cách ly tại nhà của F0 dựa trên giá trị Ct. Cụ thể:
Với các bệnh nhân F0 không có triệu chứng đang được chăm sóc, điều trị tại cơ sở y tế, sau 10 ngày có thể cho xuất viện nếu 2 mẫu bệnh phẩm liên tiếp [cách nhật tối thiểu 24 giờ] có kết quả xét nghiệm bằng phương pháp RT-PCR âm tính hoặc dương tính. Nhưng có tải lượng virus thấp [giá trị Ct ≥ 30] có thể theo dõi, điều trị tại nhà, nơi lưu trú trong 14 ngày.
Với ca bệnh phát hiện tại cộng đồng [kết quả xét nghiệm bằng phương pháp RT-PCR dương tính với SARS-CoV-2] không có triệu chứng lâm sàng: nếu có tải lượng vi rút thấp [giá trị Ct ≥ 30] thì đưa vào cơ sở y tế cách ly và theo dõi. Sau 24h làm lại xét nghiệm nếu tiếp tục có tải lượng vi rút thấp [giá trị Ct ≥ 30] hoặc kết quả xét nghiệm bằng phương pháp RT-PCR âm tính với SARS-CoV-2 thì cho bệnh nhân xuất viện và thực hiện giám sát y tế như trên. Việc theo dõi tại nhà dựa trên nguyên tắc với tải lượng virus rất thấp như vậy [Ct ≥ 30] hoặc âm tính thì khả năng lây lan cho những người trong gia đình và cộng đồng đa được hạn chế ở mức thấp nhất.